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等電聚焦電泳也是一種電泳方法，利用一種特殊的緩沖液在凝膠內制造一個pH梯度，電泳時每種蛋白質就將遷移到等于其等電點的pH處，形成一個很窄的區帶。電泳槽配置的凝膠板面積為220×85mm，適合作薄層等電聚焦電泳。配有冷卻裝置，特別適宜做種子純度檢測。

    等電聚焦電泳槽和水平電泳槽的測試原理不相同，等電聚焦是根據被分離的蛋白質組分間的等電點的差異被分離的，具有不同等電點的蛋白質會停留在相應的ph區帶，而普通的水平電泳槽是根據蛋白質組分間的分子量的大小差異進行分離的，分子量不同的蛋白質會停留在相應孔徑的凝膠層。
    用等電聚焦電泳槽進行實驗時，應當將電泳槽放在相對干燥的房間內，遠離水源。電泳槽使用的是高壓電源，所以在使用時要注意安全規范操作，要保證輸出電極的正確連接，膠的加樣端要放在負極端，否則電泳會反方向跑，穩流狀態下，輸出電極連線不能與電泳槽脫離連接，否則電泳槽內部會產生極高的電壓，將電泳槽燒毀。穩壓狀態下，輸出電極連線間不能出現短路，否則同樣會將儀器燒毀。